Họat động Trình quản lý gói có thể được thực hiện với nhiều công cụ khác nhau có sẵn trên Debian, từ công cụ mức thấp nhất dpkg đến giao diện tương tác như Synaptic. Công cụ tiêu chuẩn được đề nghị cho quản trị các gói trên hệ thống Debian là bộ công cụ apt.[11]

dpkg cung cấp cơ sở hạ tầng cấp thấp cho các trình quản lý gói.[12] Dữ liệu của dpkg chứa danh sách các phần mềm đã cài đặt trên hệ thống. Công cụ dpkg không được biết tới các kho phần mềm(repositories). Công cụ này có thể làm việc cục bộ trên máy với các tệp gói .deb, và thông tin từ cơ sở dữ liệu dpkg.[13]

APT tools

Advanced Packaging Tool (APT) là một công cụ cho phép người quản trị tải và phân giải các gói dependencies từ kho phần mềm. Công cụ APT chia sẻ thông tin phụ thuộc và bộ nhớ cached các gói.[11]

• Aptitude là một công cụ yêu cầu một giao diên người dùng text-based. Chương trình có đặc điểm là khả năng tiềm kiếm các gói tốt hơn qua metadata.[11]
• apt-get và apt-cache là những lệnh của bộ công cụ quản lý gói tiêu chuẩn apt. apt-get cài đặt và xóa các gói, còn apt-cache được sử dụng để tìm kiếm các gói và hiển thị thông tin của chúng.[11]

Các kho gói phần mềm

Bản tuyên bố Nguyên tắc Phần mềm Tự do Debian (DFSG) tuân thủ nghiêm ngặt định nghĩa của phần mềm tự do (FOSS), mặc dù hệ điều hành này chưa nhận được sự công nhận của Free Software Foundation vì sự có chứa các phần mềm độc quyền trong các kho gói phần mềm. Những gói phần mềm không tự do này được tách ra thành kho phần mềm riêng có tên gọi là non-free.Danh sách các kho phần mềm khác của Debian:

• main chứa các phần mềm đã đạt được tiêu chuẩn DFSG.
• contrib chứa các phần mềm đã đạt được tiêu chuẩn DFSG, nhưng không đáp ứng với các tiêu chuẩn phần mềm tự do khác.Ví dụ, phần mềm bị phụ thuộc vào phần mềm độc quyền nào đó.
• non-free chứa các phần mềm không hẳn là tự do, tức có chứa các phần mềm độc quyền.